Lo schema di decreto istitutivo delle nuove Autorità di Sistema Portuale emanato dal Consiglio dei Ministri prevede l'abolizione dell'Autorità portuale di Messina in favore dell'accorpamento, o diciamola meglio, della subalternità a quella di Gioia Tauro.
Capitale Messina non si rassegna a ciò che considera "la sottrazione di un ruolo che la storia e la geografia hanno assegnato a Messina, da sempre crocevia dei traffici marittimi del Mar Mediterraneo, e cioè la perdita della autonomia gestionale del nostro Sistema Portuale. Non ci convincono le rassicurazioni sui vantaggi derivanti dallo sviluppo del porto di Gioia Tauro, anche alla luce della lettura del Piano Generale dei Trasporti di recente emanazione e non ci piace neanche pensare che le questioni vitali per lo sviluppo della Città Metropolitana di Messina, riguardanti i nostri porti, le nostre banchine, l'area della cittadella fieristica, la zona falcata, non verranno decise nella nostra città, bensì in Calabria. Non ci stiamo ad arrenderci ad una ipotesi di accorpamento che, a nostro avviso svilisce la specificità dei porti messinesi e non arreca nessun vantaggio certo, bensì solo potenziali svantaggi, al nostro territorio. Così come non ci stanno i cittadini di Salerno e Savona, città che come la nostra perderanno l'autorità portuale e che in maniera compatta, società civile e ceto politico insieme, stanno lottando per il mantenimento della stessa. Nel dettaglio, le regioni Campania e Liguria, nell'ambito della Conferenza Stato-Regioni, si sono adoperate per ottenere una moratoria di tre anni per il mantenimento delle loro Authority in base al tonnellaggio di merci movimentate dai loro porti, 12 milioni di tonnellate nel 2014. In subordine, se come quasi certo non otterranno lo stop alla riforma, l'obiettivo sarà di ottenere garanzie di ampia autonomia finanziaria e di governance per i porti campani e liguri che perderanno l'autorità portuale".
Capitale Messina si chiede "se la regione Sicilia stia seguendo, in quella sede, la stessa linea per il Sistema portuale di Messina, che nei suoi porti di tonnellate nel 2014 ne ha movimentate ben 22 milioni, oltre ad essere uno dei principali sistemi portuali in Italia per trasporto passeggeri e flusso crocieristico. L'ultima occasione utile sarà la sessione della Conferenza Stato Regioni del 31 marzo, che avrà come argomento principale all'ordine del giorno il Decreto di riforma della Autorità portuali. Sappiamo bene che sarà quasi impossibile riuscire ad ottenere il mantenimento dell'Autorità Portuale di Messina, ma a quel tavolo il presidente della Regione siciliana, dovrà, come ha più volte dichiarato di voler fare, appellandosi alle prerogative dello statuto autonomista, e basandosi sulle performance produttive dei nostri porti, difendere l'autonomia del Sistema Portuale Messinese, ottenendo pur all'interno di un sistema di Autorità Portuale più vasto, garanzie di autonomia finanziaria e di tutela degli interessi economici del territorio".